自从自闭症生物疗法出版以来，自闭症领域的研究又出现许多新的发展，最重要的发展是伦敦皇家自由医院（Royal Free hospital in london)的Andrew Wakefield和马里蓝大学医学院(University of Maryland school of Medicine)的Karoly Horvath在自闭症儿童胃肠道的结构和功能所发现的重大异常。Wakefield 的假说是，这些胃肠道异常是由于胃肠道受到疫苗中麻疹病毒的感染，自闭症儿童肠活体切片检测出现病毒，而控制组无相同情形，是此假说最有力的证据。此外，许多自闭症儿童体内发现有多种高浓度的重金属，当排除引发自闭症的多重因子后，自闭症状即获得减轻。这些自闭症的证据在美国各州和世界各国，很明显获得越来越多的的证实。Ted page,Mary Colemen及其他从事基因疾病所导致的嘌呤（purine）代谢异常的研究者提出令人振奋的结果，因为一项简单的尿核苷（uridine ）饮食补充剂，即能将某一亚型 患者的几乎所有自闭症状逆转过来。其他许多疗法，例如麸质和酪蛋白限制，抗微生物疗法，r—球蛋白疗法和肠促胰激素的使用效果，已获得许多科学研究者数万名父母和医生的经验证实。本书攥写的目的主要是将生物化学，免疫学，基因学，营养学和微生物学有关自闭症，注意力不足症（ADD）和广泛性发展障碍（PDD）的资料加以整合，使之成为照顾这类孩子的父母，专业人士，例如营养师，膳食疗养师都可以理解的形式。家中有自闭症或PDD儿童的父母，有与我长谈者不下数百位，他们许多人本身就是医师，均给予我相当多有关这些病症的线索。
许多父母宣称，他们原先发展正常的小孩，在接种MMR（麻疹、流行性腮腺炎与德国麻麻诊的三合一疫苗）、DPT（白喉、百日咳、破伤风三合一疫苗）或B型肝炎疫苗数小时或数天后，都会出现发展过滞的情形。英国一位肠胃病学家威克菲台德（ Andrew Wakefield）就发现，疫苗接种可能与自闭症、广泛性发展障碍（PDD）有关，令人惊讶。威克菲台德博士还注意到，有一种称为克隆氏症（Crohn’s disease）的过肠炎个案，在施打MMR合并疫苗后明显增加，他相信两者之间必然有关联；这一步为曾接受MMR合并疫苗的自闭症儿童检查肠胃道，发现普通有淋巴增生的情形。有些儿童甚至粪便严重阻塞，纠结的粪便围大小有如葡萄柚；有时阻塞的粪便周围会渗出少量粪水，父母还误以为是腹泻而带孩子看错了医生。有些淋巴增生严重的个案，整个肠腔几乎完全紧闭，威克菲台德形容这种淋巴增生的样子很像化脓的扁桃腺。
11、评估注射免疫球蛋白的可行性。假若您的孩子一年感染四次以上（包含第四次），就需考虑请临床免疫学家评估其免疫系统。因为自闭症我儿童的免疫系统球蛋白（IVIG,intravenous immunoglobulin），以协助免疫系统对抗新感染的可行性。加州大学台湾分校（University of California at Irvine）的Sudhir Gupta 医师就是利用IVIG疗法治愈一些自闭症的感染个案。详细的讨论请参阅《免疫系统》一章。
有一篇刊登在《传染病与免疫学期刊（Journal of Infection 和 Immunology）》中的研究报告指出，如果给予实验动物青霉素（抗生素的一种），则其肠内的厌氧菌总数（包括有益菌）大约减少一千倍；〔这类厌氧的有益菌包括乳酸菌（Lactobacilli,酸乳酪中含量较多）。如果有益菌被杀光，则肠内的有害菌就会迅速增加、填补空位；大量有害菌还会自肠道内流窜到附近的淋巴结，再从淋巴结移至身体其他部位，引发感染。
前面说过，多种酵母菌附着在肠壁之后会造成肠壁细胞死亡（这些死亡细胞在显微镜下看起来好像瑞士乾酪），甚至出现孔洞，使得肠中尚未完全消化的食物分子得以进出肠壁，称为〔肠漏症〕（Leaky Gut Syndrome）];这在肠胃健康的情况下是不可能发生的（未消化的食物分子根本无法通过肠壁）。由于肠漏症导致尚未消化的食物分子跑到肠内血管，免疫系统乃将其视为入侵者，产生IgE和IgG等抗体，因而出现过敏反应。这正是多重过敏症病人经过抗酵母菌治疗后，过敏症就会消失的原因。因为酵母菌不再增殖，肠道不会因被侵蚀而出现漏洞，免疫系统就不会出现激烈反应了。
梭状芽胞杆菌异常副产物－HPHPA
尿液中有一种HPHPA（dihydroxyphenylpropionic ）化合物，数年前我就怀疑与肠内酵母菌的增殖有关，因此而与德国中央心智健康研究院（Central Mental Health Institute of Germany）的盖塔兹（Walter Gattaz）博士合作，研究、分析精神分裂症病患的尿淮液检体。这些病人都不曾以药物治疗，因此检体非常珍贵，只要发现任何生化异常，即可找出疾病的蛛丝马迹，而不必考虑到药物的影响。结果在十二份检体中，有五份出现某一种化合物的浓度特别高，经气相层析质读仪分析，认为是一种称为酪胺酸（Tyrosine）的胺基酸衍生物，其结构酷3，4－dihydroxyphenylpropionic acid(3,4-DHPPA),但并不完全相同。之后我再将此化合物确定为3－（3－hydroxyphenyl）-3-hydroxypropionic acid或称为